La hermandad se funda en 1944 por iniciativa del entonces gobernador civil de Cádiz, Ricardo Zamora García. Procesionaba con el misterio que hoy se conserva en la Capilla Baja del Oratorio de la Santa Cueva, saliendo del templo de San Francisco a las doce del mediodía del Viernes Santo y recogiéndose a las tres de la tarde en la Catedral. Durante el itinerario procesional se realizaba el Sermón de las Siete Palabras.
La hermandad deja de procesionar en 1962, hasta que un grupo de devotos la reorganiza el 3 de agosto de 1983, en la parroquia de la Merced, volviendo a salir en la tarde del Viernes Santo de 1987. Primero tuvo como sede canónica la Real Capilla de El Pópulo.
Después, la parroquia de San Severiano, aunque salía desde la iglesia de San Juan de Dios, y por último, el Obispado aprobó como sede canónica la parroquia de Nuestra Señora de la Merced, desde donde procesiona. La hermandad, cada mañana de Viernes Santo, celebra el Sermón de las Siete Palabras por las calles del casco antiguo de la ciudad, antes de ubicar la imagen cristífera sobre su paso de salida. Es la única talla del Señor crucificado que procesiona en Cádiz sobre una cruz plana, al más puro estilo de la Semana Santa castellana.
En el cortejo procesional figura cada Viernes Santo una representación de las hermandades hermanas de Zaragoza, León, Logroño y Vitoria, entre otras, que, con sus respectivos hábitos, acompañan al Señor clavado en la cruz antes de expirar.
Los bombos y tambores tan característicos en el Bajo Aragón se conocieron en Cádiz gracias a que un piquete de la hermandad hermana de Zaragoza fue invitado en 1990 para procesionar con Las Siete Palabras gaditana. Entre el variado patrimonio musical que posee la hermandad se encuentra la conocida obra Las Siete Últimas Palabras de Jesucristo en la Cruz, de Joseph Haydn.
Como consecuencia de sucesivas destrucciones acaecidas a partir de las desamortizaciones decimonónicas, en la actualidad sólo se conservan la fachada principal y la torre de la iglesia, obras protobarrocas.
Este templo perteneció al convento de los mercedarios descalzos, que se fundó en 1629 a instancias de los duques de Medina Sidonia.
Así, con estas imágenes, el misterio representado en la calle es el de la Quinta Palabra de Jesús en la Cruz: "Tengo sed".
La talla de la Virgen fue sustituida en 1992 por otra que realizó el artista sevillano Manuel Ramos Corona, que en 2005 fue reemplazada por una nueva obra de Luis González Rey, quien también gubia la nueva talla del Santísimo Cristo de la Sed clavado sobre una cruz plana.
Este mismo imaginero gaditano fue el encargado de realizar nuevas imágenes para completar el paso de misterio. En 1995 hace las figuras de San Juan Evangelista, que procesiona junto a la Virgen María, y la de un nuevo soldado romano que, mediante una caña terminada en guisopo, ofrece vinagre a Cristo (figura restaurada en 2005) y que sustituye a la primitiva. Al año siguiente se estrena la nueva talla de María Magdalena.
La corporación está inmersa en un proyecto de sustitución del actual paso.
El nuevo, del que la junta de gobierno tiene ya en su poder un boceto, se le encargará al tallista isleño Juan Carlos García Díaz.