La Hermandad Madre del Buen Pastor, es erigida de forma canónica el 2 de Mayo de 2008, aunque su actividad como asociación de fieles se remonta a 1.981 cuando un grupo de padres de alumnas del colegio San Francisco de Asís “Rebaño de María” después de organizar en años anteriores actos y cultos a la Madre del Buen Pastor, Patrona del colegio y de la Congregación que dirige el colegio, las Hermanas Terciarias Franciscanas del Rebaño de María, propone adquirir una imagen policromada de tamaño real y estilo clásico, que infundiera devoción a esta advocación, y que será realizada por D. Alfonso Verraquero. De esta forma e l 31 de enero de 1.982 se reúnen en la capilla Madre del Buen Pastor por una parte la congregación y por otra los padres de las alumnas en representación de las misma, para hacer entrega de la Imagen de la Santísima Virgen Madre del Buen Pastor al centro.
En el documento que firman en la donación de la imagen se refleja el compromiso de la cesión de la imagen a la latente hermandad para sus cultos internos y externos, su veneración en dicha iglesia, y la autorización para la creación de la Hermandad de Gloria Madre del Buen Pastor (vulgo Divina Pastora). Es el 2 de Mayo de este mismo año, en la celebración de la aprobación Pontificia de la Congregación de HH.TT.FF del Rebaño de María cuando es bendecida la imagen de la Madre del Buen Pastor. El día 15 de mayo de 1983, realiza su primera salida procesional acompañada por la agrupación musical Maestro Jácome, en un paso realizado por los miembros de la junta gestora.
Hoy la Hermandad sigue estrechamente unida al centro educativo, y a la Congregación, y colabora con los proyectos y actividades que realizan, a la vez que gestiona sus propios proyectos. Para costear la imagen de la Santísima Virgen, la asociación de padres de alumnas llevó a cabo la venta de los libros de texto del colegio, con lo que abarataron su coste y consiguieron recaudar las 200.000 pesetaas que costó la Imagen. El 2 de Febrero de 1987 conmemorándose el primer centenario de la consolidación de la congregación de HH.TT.FF del Rebaño de María, y coincidente con la aprobación Pontificia de las constituciones de la Congregación, se celebra en la Capilla Madre del Buen Pastor una eucaristía oficiada por Antonio Dorado Soto, obispo de Cádiz, y terminada esta se le canta a la Stma. Virgen la nueva Salve que para ella componen los gaditanos Salvador Guerrero y Manuel Carrasco. En diciembre de 2011, con motivo de la festividad de la Inmaculada Concepción, la hermandad celebró el primer besamanos de la Madre del Buen Pastor desde su fundación. El 2 de febrero de 2012, la cofradía bendijo el nuevo retablo para la Virgen, realizado por Artifex.
