La devoción de un niño, llamado Miguel de Omaña, hizo que sus padres encargaran un paso de misterio que daría nombre a esta hermandad. Fue tanto el paso del pueblo para verlo que tuvo que ser trasladado a la iglesia de Candelaria. A partir de este suceso se erige en cofradía hacia 1668, llegando a tener capilla propia. La doble tarea del culto y caridad de la cofradía continuaba con altibajos en el siglo XVIII.
Le afectó las reformas de la Monarquía Ilustrada y del obispo José Escalzo. Hacia mitad del siglo XIX, volvió a tener un cierto auge, trasladándose en 1866 a la iglesia de Santo Domingo. El siglo XX supuso para esta cofradía un calvario y casi su desaparición en la primera mitad.
En la segunda mitad, gracias al trabajo desarrollado por los miembros que han pertenecido a sus juntas de gobierno, vuelve a resurgir. Del incendio sufrido en el convento de Santo Domingo en el año 1936 tan sólo se salvó la mascarilla del Santísimo Cristo, que se conserva en la casa de hermandad.
Después de la Guerra Civil se recabó la devolución de las imágenes, ornamentos y enseres, encargándose la segunda imagen del Santísimo Cristo al escultor Bottaro, en 1943, y cinco años después deja de salir en procesión. El obispo Tomás Gutiérrez Díez decretó su traslado a la actual parroquia. Salió en procesión del 1952 a 1955. Posteriormente en 1964 se reanudó la salida en Vía-Crucis portado el Cristo en hombros por los penitentes.
La última reorganización la tuvo en 1969 y hasta la fecha. Esta nueva reorganización ha conllevado la realización de la tercera imagen del Santísimo Cristo por el escultor sevillano Francisco Buiza, para más tarde hacer la Virgen Dolorosa, en el mismo año. Se quedan a medio terminar las imágenes de los Santos Varones por la muerte del Buiza concluyéndolas su discípulo, Francisco Berlanga.
San Juan Evangelista y las tres Marías son llevadas a cabo por el joven escultor y cofrade de la hermandad, Luis E. González Rey, que a la vez, retoca los varones dándoles un carácter más valiente en su forma de ir en la cruz descendiendo a Nuestro Señor a los brazos de su Santísima Madre.
La hermandad posee también una imagen dolorosa, advocada de la Quinta Angustia, que es la que procesionaba antes de la actual de Buiza y fue restaurada por Luis E. González Rey. En este 2012, después de la Semana Santa, recibirá de nuevo cultos en la iglesia de la Pastora, en la calle Sagasta.
Procesiona el
Comenzó a construirse en 1722 y las obras duraron cuatro años.
La planta de la iglesia es de cruz latina, donde se encuentra la capilla del Pilar. La fachada principal se remata por un alto piñón.
A la derecha de la portada destaca el mosaico de Afligidos, realizado en 1927 por Ruiz de Luna.
La cofradía ha contado con numerosas tallas de Cristo, la primera, posiblemente del círculo de Pedro Roldán, se quemó en los sucesos de 1936; tras esto se encarga una nueva imagen a José Bottaro, que será sustituida, finalmente, por la actual de Francisco Buiza Fernández, realizada en 1978
Nuestra Señora de los Dolores
La talla de Nuestra Señora de los Dolores también es obra de Buiza, de 1978, que sustituye a una anterior de escuela valenciana, del siglo XVIII, imagen esta última que ha sufrido numerosas restauraciones caso de la realizada por Miguel José Láinez Capote, en 1940, o por Luis González Rey en 2003 (quien hace un nuevo candelero y la estructura de forma sedente), que se conserva hoy bajo la advocación de María Santísima en su Quinta Angustia.
En años venideros es deseo de la corporación que la Virgen de la Quinta Angustia procesione en el paso de misterio (como hizo en la Magna de 2012), pasando la talla de Nuestra Señora de los Dolores a realizar estación de penitencia bajo paso de cúpula o templete.